江苏省淡水水产研究所前身为江苏省水产科学研究所，始建于1957年。隶属于江苏省海洋与渔业局，是全省综合性渔业研究中心。

全所在职职工109人，其中高级职称36人，中级21人；博士7人，硕士46人。全所共有享受政府特殊津贴的专家7名，国家级有突出贡献的中青年专家1名，省级有突出贡献的中青年专家8名，省“333”人才培养对象12名，省“六大高峰人才”8名，农业部水产技术推广先进个人1名，省优秀科技工作者5名，省农业科技先进工作者3名。

所内设有办公室、财务处、科研处、后勤保障处、信息处等5个管理与后勤保障部门；养殖与装备、资源与环境、种质与育种、病害防治、加工与饲料、水产品质量安全、斑点叉尾鮰、河蟹、特色鱼类等9个科研业务室和扬中、禄口、浦口3个科研实验基地。还包括江苏省水产质量检测中心、农业部渔业产品质量监督检验测试中心（南京）、农业部水产品质量安全监督检验中心（长江中下游）、江苏省淡水水产引育种中心、江苏省野生水生动物移殖驯化及苗种繁育工程技术中心、江苏斑点叉尾鮰遗传育种中心、江苏河蟹遗传育种中心等社会公益体系及江苏省淡水水产种质资源保护与利用重点实验室、江苏省内陆水域渔业资源重点实验室、江苏省渔业产品质量安全重点实验室、江苏省斑点叉尾鮰种质改良研究开发中心、江苏省河蟹产业技术研究开发中心、江苏省克氏原螯虾产业技术研发中心、江苏省特色鱼类引良种选育研发中心、江苏省水产品深加工科技研究开发中心等8个渔业科技创新与转化平台。江苏省水产学会、《水产养殖》编辑部亦设在所内。

主要开展水产种质资源保护与良种选育、渔业水域生态环境保护与可持续利用、水产疫病灾变规律与预控、水产品质量与安全等研究，以及名优新水产品种的规模化繁育与良种示范推广、渔业公共技术协同攻关咨询与科技中介服务等。目前承担省部级以上公益性科研计划项目25项，其中：国家“十二五”项目子任务3项、农业部良种工程项目1项、现代农业产业技术体系建设项目1项、国家青年科学基金项目1项、省科技厅项目9项、省海洋与渔业局项目8项等。

1978年以来，全所共获得各级成果奖励159项次。其中国家级科技进步二等奖1项次，部省级科技进步一、二、三等奖共97项次，省农业技术推广一等奖2项次、二等奖1项次，农牧渔业丰收一等奖1项次、二等奖2项次。培育出中华绒螯蟹“长江1号”，“长江2号”，斑点叉尾鮰“江丰1号”等新品种3个。目前新品种及绝大多数成果已经转化或在生产中推广应用，获得了显著的社会、经济和生态效益。